Začíná šestnácté století. Templáři v čele s rodem Borgiů byli sice navenek poraženi, ale přesto se stále nevzdávají šance získat opět moc. Prostředkem by se měla stát tajemná knihovna zapečetěná kdysi dávným asasínským Strážcem Altairem Ibn-La'Ahádem v syrské pevnosti Masyaf. Tu templáři ovládají a jejich cíl je jediný - knihovnu odpečetit a dostat se k Altairovu odkazu. Cestu k němu dláždí zisk několika knih, rozesetých před lety Niccolem Polem po různých místech Konstantinopole.
Stárnoucí asasínský Strážce Ezio Auditore cítí, že konec života se blíží, přesto ví, že jeho úkol ještě nebyl dokončen. Vydává se tak až do Byzancie, aby sám odhalil tajemství, které by mohlo změnit nejen jeho vlastní náhled na svět, ale i celkovou rovnováhu sil v boji mezi věčnými nepřáteli - asasíny a templáři. Uspěje, nebo jeho celoživotní snaha zůstane nenaplněna?